Otizmin birçok nedeninin olduğu düşünülmesine rağmen çocuklarda yapılan MMR (kızamık, kabakulak ve kızamıkçık) aşısının ve diğer aşıların otizme sebep olduğu tartışmalar arasında yer almaktadır. Viral üçlü olan kızamık, kabakulak ve kızamıkçığa karşı koruyan MMR aşısının otizme neden olabileceği şüphesi, çocukların bu aşıyı genellikle otizm teşhisi konulduğu bir dönemde yani 2 yaşında almaları nedeniyle ortaya çıkmıştır. Asıl şüphenin sebebi ise bu aşıda kullanılan koruyucuların, virüs ve bakterilerin canlı kalmasını sağlayan etil civanın (Thimerosal) otizme neden olduğunun düşünülmesidir. Birçok ebeveyn, kızamık, kabakulak, kızamıkçık (MMR) aşısının otizm endişesi nedeniyle çocuklarını aşılamamayı tercih etmektedir. Düşük MMR aşılamanın ise ölümcül olabilen kızamık salgınlarına yol açtığı görülmüştür.

Otistik çocuklar kurşun, alüminyum, cıva ve diğer toksinlere maruz kalabilmektedir. Bu nedenle antioksidan seviyeleri düşüktür. Otistik çocukların önemli bir bölümünde kan ve doku cıva düzeyleri yüksektir. Ama her otistik çocukta cıva yüksek değildir. Cıvaya maruz kalan her çocukta otizmin görülmemesi genetik, bağışıklık ve beslenme faktörlerinin olumlu etkilerine bağlıdır. Otistik çocukların çoğunun ağır metalleri diğerlerinden daha yavaş vücut dışına çıkartabildikleri bilinmektedir. Dünya Sağlık Örgütünün yayımladığı raporda ise MMR aşısında ve çocuklara yapılan diğer aşılarda bulunan civa etil civadır (Thimerosal) ve etil civanın (Thimerosal) yarısının vücuttan atılma süresinin bir haftadan daha kısa olduğu, kronik bir hastalığa sebep olmadığı görülmüştür. Vücuttan atılması zor olan metil civadır ve metil civada Thimerosal bulunmamaktadır.

Dünya Sağlık Örgütü'nün kendisine ek olarak, tüm ünlü pediatri dernekleri, devlet sağlık kurumları ve otizmli hastalarla bağlantılı kuruluşlar, aşıların güvenli olduğunu ve otizme neden olmadığını açıklamışlardır. Aşı ve otizm ilişkisini ispatlamak için birçok çalışma yapılmış ve sonuçlar, bu aşının koruyucusu olan Thimerosal ile otizmin gelişimi arasında nedensel bir ilişki olmadığını göstermiştir. MMR aşısı ile otizm arasında, MMR aşısının, büyük kardeşleri otizmi olan yüksek riskli çocuklar arasında da otizm riskinin artmasıyla ilişkili olmadığını gösteren çalışmalar da bulunmaktadır. Güvenliğine dair güçlü kanıtlara rağmen, bazı ebeveynler çocuklarının MMR aşısını kabul etmekte hala tereddüt etmektedir. MMR aşısının kabulünün azalması, kızamık salgınlarına veya yeniden canlanmasına neden olmuştur. Sağlık hizmeti, aşılamaya olan güvenin korunmasında ve kızamık ve diğer aşıyla önlenebilir hastalıklardan kaynaklanan acı, sakatlık ve ölümün önlenmesinde hayati bir role sahiptir.